Erstmals schriftlich wurde Hamborn im 10. Jahrhundert im Güterverzeichnis der Abtei Werden erwähnt. Ein Stück Land in Witfeld bei Hamborn wurde dort verzeichnet. Schon zu dieser Zeit gab es eine kleinere Kirche.
Um 1170 wurde diese Kirche zur Stiftskirche umgebaut, aus dieser Zeit stammen noch der Turm und der nördliche Flügel des Kreuzganges.
Im 17. Jahrhundert wurde das Gotteshaus zur spätgotischen Hallenkirche umgestaltet. .1806 werden im Rahmen der napoleonischen Säkularisation alle Ordensniederlassungen - auch die Abtei Hamborn mit ihren 20 Patres - aufgelöst, die Kirche diente aber weiterhin als katholische Pfarrkirche.
Bei den Luftangriffen des Zweiten Weltkrieges wurde die Kirche 1944 weitgehend durch Sprengbomben zerstört, mit dem Wiederaufbau wurde 1949 begonnen. Die Kirche verfügt noch über einen relativ großen Bestand an alter Ausstattung, darunter ein eindrucksvolles Taufbecken aus dem 13. Jahrhundert, kostbare, gestickte Meßgewänder aus dem 16. Jahrhundert sowie gottesdienstliche Geräte
und Bilder.

Seit 1959 leben wieder Prämonstratenser in der alten Abtei: Praemonstratenser Chorherren, Abtei St. Johann